Репутацияны башкаруу борборунын кызматкерлери  Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин борбордук аппаратынын түзүмүнө кирген, басма сөз жана башка жалпыга маалымдоо каражаттары менен өз ара аракеттенүүчү негизги кызмат ордун ээлеген мамлекеттик кызматчы болуп саналат.

Укуктук камсыздоо жана экспертиза бөлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин борбордук аппаратынын өз алдынча түзүмдүк бөлүмү болуп саналат жана укуктук камсыздоо ишин жүзөгө ашырат.

Электр энергетикадагы мамлекеттик саясат башкармалыгы Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин түзүмдүк бөлүмү болуп саналат, анын негизги милдеттери электрэнергетикасын өнүктүрүүнү мамлекеттик колдоо, электрэнергетика чөйрөсүндөгү ченемдик укуктук актыларды иштеп чыгуу жана илгерилетүү, ошондой эле электр энергетика тармагындагы ишканалардын ишин координациялоо болуп саналат.

Генерацияны өнүктүрүү башкармалыгы. Долбоорлорду илгерилетүү жана мониторинг  жүргүзүү бөлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин өз алдынча түзүмдүк бөлүмү болуп саналат, энергиянын кайра жаралуучу булактары, энергияны үнөмдөө жана энергиянын натыйжалуулугун жогорулатуу жаатында мамлекеттик саясатты
иштеп чыгат жана ишке ашырат.

Адам ресурстарын башкаруу жана иш кагаздарын жүргүзүү бөлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин өз алдынча түзүмдүк бөлүмү болуп саналат, мамлекеттик кадр саясатын жана иш кагаздарын жүргүзөт.

Корпоративдик башкаруу, болжолдоо жана анализдөө бөлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин өз алдынча түзүмдүк бөлүмү болуп саналат, ал мамлекеттик программалардын жана башка комплекстүү максаттуу программалардын, ошондой эле Президенттин тиешелүү жарлыктарынын жана Кыргыз Республикасынын Министрлер Кабинетинин токтомдорунун аткарылышына жалпы мониторингди жүргүзɵт, ошондой эле министрликтин түзүмдүк бөлүмдөрүнүн ишмердүлүгүн тармактар боюнча координациялайт
жана министрликтин иш пландарын жана коллегиянын иш пландарын түзɵт.

Финансы жана техникалык камсыздоо бɵлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин өз алдынча түзүмдүк бөлүмү
болуп саналат, бухгалтердик эсепти жана финансылык отчеттуулуктун бирдиктүү системасын координациялайт жана башкарат, ошондой эле министрликтин ишин уюштуруу-техникалык жактан камсыз кылат.

Отун, газ жана жылуулук менен камсыз кылуу бөлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин өз алдынча түзүмдүк бөлүмү болуп саналат, катуу отунга жана жаратылыш газына болгон керектөөнүн мониторингине жана аткарылышына жана көмүрдүн жеткирилишин, бөлүштүрүлүшүн жана керектөөсүн кɵзɵмɵлдɵйт ошондой эле мазут жана жаратылыш газы, анын ичинде жылуулук энергиясын өндүрүүнү кɵзɵмɵлдɵйт.

Коррупциянын алдын алуу боюнча ыйгарым укуктуу мамлекеттик органдын кызмат ордун ээлейт, коррупциянын алдын алуу жаатындагы мамлекеттик саясатты ишке ашырууда Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин ишин координациялайт.

Протокол жана тышкы байланыштар бөлүмү Кыргыз Республикасынын Энергетика министрлигинин өз
алдынча түзүмдүк башкармалыгы болуп саналат, отун-энергетика комплексинин инвестициялык долбоорлорун иштеп чыгат жана ишке ашырууга көмөк көрсөтөт жана министрлик чет мамлекеттер менен, эл аралык уюмдар менен кызматташтыкты жалпы координациялоону жүзɵгɵ ашырат.